Bis in die 1950er Jahre wurden Pfarrer in den Kirchengemeinden von den Gemeinden direkt bezahlt. Heute werden alle Pfarrerinnen und Pfarrer zentral und nach denselben Regeln von der Gesamtkirche bezahlt. Die Kirchengemeinden müssen im Gegenzug die Erträge der Pfarrkasse an die Gesamtkirche abführen. Diese Einnahmen bilden die Gesamtpfarrkasse. Die Erträge der Gesamtpfarrkasse sind zweckgebunden und dienen der Besoldung und Unterstützung der Pfarrerinnen und Pfarrer.
Nach § 74 Abs. 1 Ziff. 8a KVerf führt das Moderamen der Gesamtsynode die Gesamtpfarrkasse als Sonderkasse im Auftrag der Kirchengemeinden. Diese Aufgabe ist in wesentlichen Teilen an die Verwaltungsstelle (Landeskirchenamt) delegiert. Die Kontrolle führt aber das Moderamen der Gesamtsynode aus.
Aus der Gesamtpfarrkasse werden Dienstbezüge und ergänzenden Leistungen für alle Pfarrerinnen und Pfarrer gezahlt. Die Erträge der örtlichen Pfarrkassen reichen aber mittlerweile nicht mehr aus, um die Pfarrbesoldung sicherzustellen, Daher werden die Erträge durch die Kirchensteuer und durch Staatsleistungen ergänzt.
Daneben fließen die Erträge aus den Dienstwohnungsvergütungen in die Gesamtpfarrkasse. Diese Erträge werden in einer gesonderten Haushaltsstelle gesammelt und dienen dazu, die Pfarrhäuser Instand zu halten.